如果股东已经实缴了出资，但公司未收到实收资本的会计分录，这并不意味着公司违法。根据《公司法》的相关规定（第28条、第30条），股东应按照章程规定缴足认缴的出资。账务处理需依据股东出资的凭证进行，如进账单、发票等。若公司未及时进行账务处理，可能是内部管理问题或疏忽，但不一定构成违法行为。然而，长期不进行账务处理可能影响公司财务的准确性和透明度，建议公司及时纠正。
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从法律角度，公司应确保实收资本的账务处理准确无误，具体做法包括：依据《公司法》规定，严格按照股东出资凭证进行账务处理；加强内部控制，确保账务处理流程的规范性和准确性；定期进行财务审计，及时发现并纠正账务处理中的问题；与股东保持良好沟通，确保双方对出资情况有清晰的认识。
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针对不同情况，公司处理未收到实收资本会计分录的方式如下：若股东已实缴出资但未做分录，公司应立即根据出资凭证补做分录；若股东尚未缴纳出资，则无需做分录，待缴纳后再做；若因内部管理问题导致分录遗漏，应加强内部控制，确保今后账务处理准确无误。