工厂垫付的医疗费用，保费最终可能由保险公司支付。依据《保险法》相关规定，保险理赔应根据实际情况进行。若工厂垫付医疗费，理赔时保险公司可赔给工厂。未及时理赔，可能导致工厂资金压力增大，影响正常运营。
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保费支付视情况而定。1.若工厂垫付医疗费且为意外险，需与保险公司沟通，提供垫付证明，申请理赔给工厂。2.若工厂未垫付或垫付后不当占有，向劳动局投诉，维护自身权益。3.出现伤残，无论保险类型，确保赔偿直接给受伤工人。4.非上述情况，咨询专业律师，明确责任，采取合适法律手段。
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处理此问题常见方式为找保险公司理赔或劳动局投诉。选择方式需根据具体情况，如工厂是否垫付医疗费、保险类型等。若工厂垫付且保险类型为意外险，可选择找保险公司理赔；若工厂行为不当，可选择向劳动局投诉。