违规公司扣工资是否违法需具体分析。若劳动者违规致公司损失，扣工资不违法；若无故扣除，则违法，依据《中华人民共和国劳动法》第九十一条，劳动者可投诉或申请仲裁，未及时处理可能导致劳动者权益受损，影响劳动关系稳定。
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公司违规扣工资，常见处理方式有协商、投诉、仲裁。首先尝试与公司协商；协商无果则向当地劳动局投诉；仍无法解决则可申请劳动仲裁，根据具体情况选择合适方式，以有效维护自身权益。
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公司扣工资违法与否需分情况。操作如下：若违规致损，公司可扣；若无故扣除，1.先与公司协商，要求合理解释；2.协商不成，向劳动局投诉，提供侵权证据；3.仍无法解决，申请劳动仲裁，要求支付工资及补偿，未签合同还可要求双倍工资。