全款发票与增值税发票在法律上不相同。分析：全款发票是交易双方确认款项已全额支付的凭证，主要用于证明交易款项的结清。而增值税发票是根据税法规定，在商品销售或提供劳务过程中开具的，用于记录交易金额、税额等重要税务信息的法定票据。两者虽然都是交易凭证，但功能和用途截然不同。提醒：若交易双方在发票问题上产生纠纷，或发票涉及税务违法行为，表明问题已比较严重，应及时寻求法律专业人士的协助。
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处理方式：从法律角度，处理全款发票与增值税发票的问题，常见方式有协商、调解、仲裁和诉讼。选择建议：首先尝试通过协商解决问题，若协商不成，可考虑寻求第三方调解。若调解仍无果，且争议金额较大或涉及复杂法律关系，可考虑仲裁或提起诉讼。选择仲裁或诉讼时，需根据具体情况评估成本和风险。
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具体操作：1.协商：双方就发票类型、开具时间、税额等问题进行协商，达成一致后签订书面协议，确保双方权益。2.调解：若协商不成，可申请第三方调解机构介入，调解员将协助双方沟通，寻求解决方案。3.仲裁：若调解无果，双方可约定将争议提交至仲裁机构进行裁决。仲裁裁决具有法律效力，双方需遵守。4.诉讼：若争议无法通过协商、调解或仲裁解决，可向人民法院提起诉讼。法院将依法审理案件，作出判决。在诉讼过程中，需准备充分的证据材料，以支持自己的主张。