农村自建房被拆，需及时报警并收集拆迁过程中的违法证据。根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》相关规定，如拆迁过程中存在非法手段，造成损失需依法赔偿，相关责任人可能承担刑事或行政责任。为保障自身权益，建议尽快采取行动。
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针对农村自建房拆迁补偿问题，您可以通过协商确定补偿方案或者依法申请行政复议、提起诉讼等途径解决。在选择处理方式时，请综合考虑自身权益、法律操作难度和效率等因素，选择最适合您的解决途径。
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农村自建房拆迁补偿应依据实际建筑层数和用地性质进行计算。如您的用地合法且审批建筑层数为三层但实际建筑两层，将按照两层面积进行补偿。若建在耕地上则可能被视为违章建筑，无法获得补偿。在处理时，请先确认用地性质，然后与相关方协商补偿事宜，必要时可寻求法律援助。